Zwischen 1598 und 1601 war er als Kantor der Kamaldulenser Marienabtei von Carceri in der Provinz Padua tätig. 1602 zog er nach Venedig, wo er bis 1604 blieb. Fattorini war vermutlich auch Organist und maestro di cappella am Dom von Faenza. Der Ruhm Fattorinis ist vor allem mit seinen Geistlichen Konzerten zu zwei Stimmen verbunden, die zuerst 1600 erschienen. Berühmt ist auch sein zweites Motetten-Buch.