Sohn des Braunschweiger Druckers Andreas Duncker d. Ä.; heiratete 1628 die Tochter Kunigunde des Goslarer Druckers Johann Vogt, die die väterliche Offizin von 1625 bis 1628 als Johann Vogts Erben geführt hatte. Nach dem Tode von Nikolaus Duncker (1671) wurde das Geschäft noch bis 1676 von der Witwe weitergeführt