Wegener druckte von 1569 bis 1580 in Hamburg; nach seinem Wechsel nach Schleswig, wo er von 1581 bis zu seinem Tod 1608 als erster fürstlich-gottorfischer Hofbuchdrucker wirkte, wurde seine Hamburger Offizin anscheinend 1580 von dem Verleger Hans Binder übernommen. In Schleswig war sein Sohn Arnold von 1609 bis 1614 sein Nachfolger als Hofbuchdrucker, während sein Sohn Hermann zwischen 1609 und 1612 in Hamburg druckte