Il Seminario Romano nasce ufficialmente il 1° febbraio 1565. La nuova istituzione fu affidata da subito alla Compagnia di Gesù. La prima sede del Seminario fu Palazzo Pallavicini, anche se nei secoli successivi gli alunni traslocheranno più volte, fino al 1913 quando fu inaugurato il nuovo edificio accanto alla Basilica di S. Giovanni in Laterano. Nel 1853 al seminario Romano si affiancò il Seminario Pio, destinato agli alunni delle diocesi dello Stato Pontificio; in seguito, dopo il 1913, esso fu completamente unificato al romano. nella sede di S. Apollinare le scuole del Seminario Romano ebbero un particolare sviluppo nell'ambito degli studi giuridici e si arricchì la biblioteca, grazie alla continua attenzione di Pio IX.